وتقوم الهيئة بوقف الشركات وذلك بعد إتخاذ عدداَ من الإجراءات الرئيسية مثل منحها لتلك الشركات مهلة لتجديد شهادات الجودة المقدمة بملفاتهم ، طبقا للقرارات الوزارية الصادرة ، خاصة القرار 43 لسنة 2016 والمتعلق بتسجيل المصانع المؤهلة للتصدير لمصر، وتستحوذ الشركات التركية على قائمة الشركات الموقوفة ، فضلًا عن شركات أخرى من الصين والنمسا وسوريا و الإمارات واليونان وإيطاليا .
وحدد القرار 43 بعض السلع التى تقتضى تسجيل المصانع الموردة إلى مصر فى الهيئة العامة للرقابة على الصادرات والواردات، ومن بينها “الألبان ومنتجاتها، الفواكه المستوردة، الزيوت، المصنوعات السكرية، سجاد وتغطية أرضيات، ملابس ومنسوجات ومفروشات، أجهزة الإنارة للاستخدام المنزلى، الأثاث المنزلى والمكتب، لعب الأطفال، الأجهزة المنزلية مثل التكييف والثلاجات والغسالات، الزجاج، حديد التسليح، الشيكولاتة، والورق”.